Anche Panama ha aderito al Container Security Initiative e al Megaports Initiative e collaborerà con gli Stati Uniti a combattere il mercato clandestino di materiale nucleare e radioattivo. Impianti per lo scanning ai raggi X e postazioni per la rilevazione di radiazioni verranno installate nei porti di Colon, Manzillo e Balboa per condurre ispezioni non invasive sui contenitori in transito. Megaports Initiative è un'iniziativa del dipartimento dell'energia statunitense che prevede il prestito di stazioni di monitoraggio e fornisce il servizio di installazione e training ai paesi che vi aderiscono, per combattere il mercato clandestino di materiale o dispositivi nucleari.